Organami Szkoły Podstawowej nr 48 w Gdańsku są:

- Dyrektor Szkoły, 
- Rada Pedagogiczna,

organa społeczne:
- Rada Rodziców, 
- Samorząd Uczniowski.
Szczegółowy opis działań szkoły i kompetencji organów określa Statut Szkoły